O presente trabalho se propõe a discutir o conflito entre a presunção de inocência e a aplicação de inelegibilidades em casos de improbidade administrativa antes do trânsito em julgado.Apesar de a Constituição garantir a presunção de inocência até a decisão final, a Lei da Ficha Limpa permite a inelegibilidade com condenação por órgão colegiado, priorizando a decisão judicial em detrimento do voto popular.A diferenciação entre o parâmetro constitucional e legal da presunção de inocência se deu em virtude de a natureza jurídica das inelegibilidades ainda ser motivo de controvérsias entre grande parte da doutrina e da jurisprudência. Parte dos juristas entendem que se trata de um status, enquanto outros entendem se tratar de sanção. No caso das inelegibilidades decorrentes de condenação por atos de improbidade administrativa, a natureza jurídica de sanção pode ser explicada com base em fundamentos jurídicos e teóricos do direito penal e administrativo sancionador. Por isso, a execução da sentença antes do trânsito em julgado significa restrição do direito de defesa, caracterizando desequilíbrio entre a pretensão estatal de aplicar a pena e o direito do acusado de elidir essa pretensão.A incidência das regras de inelegibilidade deve reclamar o caráter definitivo do julgamento das causas que a elas antecedem. O impedimento prematuro à candidatura cria instabilidade no campo da segurança jurídica, pois a causa da inelegibilidade despida de certeza pode provocar prejuízo irreversível ao direito de candidatura.